マイナンバー関係でよくある質問が、本人確認の方法です。
従業員からマイナンバーを取得する際は、（１）正しい番号であることの確認（番号確認）と、（２）番号の正しい持ち主であることの確認（身元確認）が必要です。
このうち（２）の身元確認書類で代表的なものは運転免許証（または運転経歴証明書）と旅券（パスポート）ですが、どちらも持っていない場合は写真付きの身分証明書が有効です。
身元（実在）確認書類の一覧が告示されています。
http://www.cas.go.jp/jp/seisaku/bangoseido/pdf/kokuzei_kakunin.pdf#page=19
雇用契約時に住民票の写しなどを取得している従業員について、本人に相違ないことが明らかであるときは、身元確認の書類は不要と認められています。
また、扶養控除等申告書に従業員の氏名及び生年月日又は住所をプレ印字して交付し、従業員がその扶養控除等申告書を用いて申告した場合は、本人確認のうち身元確認は完了したと考える、とあります。
内閣官房のページに[QA基礎編（一般向け）][QA基礎編（民間事業者向け）]が追加されています。
基礎的な情報がQ&A形式でわかりやすく書かれていますので、一度目を通してみるとよいでしょう。
内閣官房 マイナンバー社会保障・税番号制度
http://www.cas.go.jp/jp/seisaku/bangoseido/#c03
※2015年12月19日時点の情報です。最新の情報については内閣官房のマイナンバーページをご確認ください。
http://www.cas.go.jp/jp/seisaku/bangoseido/